Nou!
Echipa de geneticieni a UMFCV-CRGM-SCJUC reprezinta Craiova in proiectul selectat pentru finantare: Secvențierea genomului SARS-CoV-2 și analiza filogenetică a tulpinilor circulante în România
Scopul proiectului: Evaluarea patogenității tulpinilor circulante in diferite regiuni geografice din Romania în relație cu exprimarea fenotipica a infecției la persoanele SARS-CoV2 pozitive și a potențialului de adaptare la organismele umane, bazate pe secvențierea genomului SARS-CoV-2.
Detalii despre proiect si competitie, la adresa:
_____
Laboratorul de Genetica Medicala al CRGM-SCJUC are urmatoarele module si directii majore de diagnostic:
- Diagnostic prenatal (ex: QF-PCR din lichidul amniotic);
- Diagnostic postnatal (ex: aCGH sau secventiere de ultima generatie – NGS pentru pacientii cu malformatii congenitale cu sau fara dizabilitati intelectuale, epilepsii);
- Genetica non-self (ex: diagnostic COVID);
- Oncogenetica (in curand, pe platforma NGS) pentru terapia personalizata in cancer.
__
Genetica non-self
Diagnosticarea COVID-19 prin metoda Real-Time qRT-PCR in Spitalul Clinic Judetean de Urgenta din Craiova
se realizeaza in
punctul de lucru al Laboratorului de Genetica Medicala din Bvd. 1 Mai, nr. 66 (Autorizatia Sanitara de Functionare 2672/24.03.2020)
SCJU din Craiova, prin acest laborator al CRGM Dolj, a fost inclus in lista „unităților de specialitate care dețin în dotare echipament medical pentru efectuarea testării RT-PCR pentru identificarea virusului 2019-nCOV„, OMS 500/2020, publicat in Monitorul Oficial 252/26.03.2020.
Spatiile si o parte din echipamente sunt puse la dispozitia spitalului de catre Universitatea de Medicina si Farmacie din Craiova.
__
Am inceput sa primim probe din 7 aprilie si aici!
Astfel am continuat activitatea diagnostica specifica COVID-19 pe care am inceput-o in parteneriatul dintre UMF din Craiova si colegii de la Spitalul Clinic de BI si PNF „Victor Babes“ Craiova.
Am organizat acest laborator vizand cresterea ratei de detectiei a infectiei cu virusul SARS-CoV-2 in randul populatiei din Oltenia.
Am pornit de la o capacitate de testare de 150-200 probe pe zi.
In acest moment putem testa aproximativ 250 probe pe zi!
Activitatea diagnostica a Laboratorului de Genetica Medicala al CRGM-SCJUC pentru COVID-19 in numere:
- un numar total de peste 7000 teste efectuate pentru pacienti din judetele Dolj, Olt, Gorj, Valcea si Mehedinti
- peste 1900 teste efectuate pentru pacientii si personalul medical din SCJUC, dintre care peste 1000 teste efectuate din surse proprii (donatii)
In plus, am primit in stagii de pregatire colegi din noile laboratoare de Genetica Moleculara pentru testarea COVID din judetele:
- Gorj – din structura SJU Targu Jiu;
- Olt – din structura SJU Slatina, respectiv DSP Olt (parteneriat cu DSV Olt);
- Mehedinti – din structura SJU Drobeta Turnu Severin;
- Arges – din structura Spitalului Orasenesc Mioveni;
__
Ulterior includerii SCJU din Craiova in acest Program National de diagnostic COVID-19, Ministerul Sanatatii a alocat un buget important pentru kit-uri si materiale necesare pentru testare. De asemenea, Ministerul Sanatatii a alocat Centrului Regional de Genetica Medicala din structura Spitalului Clinic Judetean de Urgenta din Craiova 2.000.000 RON pentru echipamente (procedura de achizitie in derulare).
In momentul in care vom instala si acest flux de lucru capacitatea de testare pentru COVID-19 a CRGM-SCJUC va fi de aproximativ 500-600 probe pe zi!
Echipamentele ce vor fi livrate in aproximativ 3 saptamani sunt urmatoarele:
- Hota nivel II bioscuritate cu exhaustare;
- Flux automat de mare capacitate (96 probe/set) pentru extractia si purificarea ARN viral si pregatire a probelor;
- Sistem Real Time PCR;
- Echipamente suport: micropipete, vortex, minispin, centrifuga;
- Echipamente pentru criostocare: ultracongelator cu sistem de rackare, combină frigorifica de laborator si congelator biomedical.
Aceasta finantare vizeaza cresterea suplimentara a capacitatii de diagnostic prin tehnici de genetica moleculara (Real-Time PCR) la nivel local si regional. Si pentru acum, dar mai ales pentru a fi mai pregatiti pentru epidemiile viitoare!
__
Resursa umana este esenta oricarei activitati!
Echipa Centrului Regional de Genetica Medicala implicata (acum si) in diagnosticul COVID:
Medici – specialitea Genetica Medicala (GM) : dr. Simona Sosoi, dr. Anca (Riza) Costache, dr. Ioana Streata, dr. Mihai Cucu, dr. Razvan Plesea, dr. Mihai Ioana;
Medic – specialitatea Medicina de Laborator (MLab): dr. Elena Popescu;
Biolog – Adina Dragos;
Medic – specialitatea Sanatate publica si management (voluntar): dr. Monica Cara;
Medicii rezidenti in specialitatea GM care s-au alaturat echipei: dr. Andrada Gheorghe, dr. Alexandru Caramizaru, dr. Gabriela Lupulescu.
Echipa Centrului Regional de Genetica Medicala isi continua si celelalte activitati specifice si prin implicare importanta a colegilor nostri: dr. Florin Burada si dr. Amelia Dobrescu.
La sectiunea testare genetica prenatala ii mentionam si pe colegii nostri medici rezidenti: dr. Alina Musuroi si Geamanu Bogdan.
Asistente – cabinet GM, Ambulatoriul SCJUC: Adriana Pirvu si Florentina Poenaru.
In plus, de mare ajutor sunt cele doua colege tehniciene: Daniela Papuc si Mirela Stanculescu.
In centrul medical universitar craiovean specialitatea noastra are o singura echipa, echipa UMF-SCJU, cu aceeasi oameni! Pentru educatie, cercetare-dezvoltare-inovare, activitate clinica si diagnostic genetic de laborator!
In ajutorul nostru avem personalul administrativ de la UMF Craiova si SCJU din Craiova.
Alaturi de noi stim ca o avem si acum pe buna noastra colega, Alina!
Aici suntem aproape toti oamenii echipei de medici geneticieni, specialisti si rezidenti, la intalnirea anuala de Craciun (2019). Impreuna cu noi sunt o parte din seniorii nostri de la disciplinele de Biologie Celulara si Moleculara, doi medici-invitati si un student. In imaginea anului 2020 vom incerca sa fim toti!
__
STIM ce INSEAMNA intarzierea diagnosticarii!
Din pacate, pentru a avea o capacitate diagnostica crescuta, posibila prin automatizarea procesului de extractie ARN viral, am fost nevoiti sa asteptam si ultimele echipamente si kit-uri, comandate si platite prin bunavointa unor OAMENI care au inteles ca impreuna putem face lucrurile mai bine si repede.
OAMENII au venit alaturi de noi contactandu-ne direct sau in virtutea parteneriatul constant pe care il avem cu Rotary Craiova Probitas si Rotaract (click pentru a afla detalii despre partenerii Rotary Craiova Probitas implicati in acest proiect).
In plus, am primit un sprijin din partea: CEREALCOM Dolj,
Asociația Dăruiește Viața, Asociația Zi de Bine, De’Longhi România, Crucea Rosie Romana in parteneriat cu Compania Arctic, MagiCAMP, OAMMR filiala Dolj in parteneriat cu Casa de Ajutor Reciproc a salariaților – SCJU din Craiova, SC Agri Meat Solutions SRL, SC RO Software House SRL, OMV Petrom in parteneriat cu Asociatia Romana a Tinerilor cu Initiativa (ARTI).
Compania Necesarul de masti FFP2 pentru o luna a fost donat printr-o strangere de fonduri fulger organizata de olteni din toata lumea, cu ajutorul Observatorului Roman de Sanatate, Asociatia Dincolo de Azi si Asociatia Magic.
In paralel cu organizarea laboratorului vom incerca in permanenta sa facem vizibila implicarea dumneavoastra. Este important pentru noi sa nu omitem sa multumim celor care ne ajuta sa ajutam!
In ultimele saptamani am simtit alaturi de noi oamenii cetatii, ONG-uri si multe institutii!
Va multumim!
__
Stim ca dumneavoastra, cei mai multi dintre cititori nu sunteti de specialitate, insa indraznim sa va facem un tur al laboratorului nostru, de fapt unul dintre laboratoratoarele comunitatii noastre.
In cadrul laboratorului dispunem de următoarea structură a fluxului de diagnostic genetic prin metoda RT – PCR:
ARIA Pre-PCR
– Hotă nivel II biosecuritate – necesară pentru pregătirea primară a probelor (exudat nazal și faringian, spută etc) în vederea pregătirii pentru izolarea ARN viral, etapă unde este crucială siguranța personalului în manipularea probelor cu risc potențial.
– Flux automat de extractie si purificare a ARN viral si pregatire a probelor pentru detecția prin RT – PCR. Izolarea ARN viral din probele biologice reprezintă etapa care limiteaza semnificativ capacitatea de diagnostic. Extractia automata permite eficientizarea fluxului, cu trasabilitate a probelor si scadere a ratei de eroare (contaminare intre probe minimizata, resursa de personal redusa cu implicare directa minima).
– 1 sistem MagCore® HF16 Automated Nucleic Acid Extractor.
– 3 sisteme MagCore® Compact Automated Nucleic Acid Extractor.
– 1 sistem GeneFinder™ EX-MATE 32 Plus
– 1 sistem Maxwell® 16 System
ARIA si post-PCR
– Hotă PCR pentru pregătirea reacției Real-Time PCR
Sistemele detectie Real Time PCR – reprezinta instrumentele necesare pentru stabilirea prezentei virusului SARS-CoV-2 prin identificarea in probele de ARN izolate a secvențelor informationale specifice acestui agent patogen.
Echipamente existente:
– 2 sisteme StepOne™ Real-Time PCR – Thermo Fisher Scientific
– 1 sistem ViiA7™ Real-Time PCR – Thermo Fisher Scientific